Eccomi, come promesso.
Ho difficoltà a decifrare lo schema, ma analizzando alcune note che mi hai sottoposto posso darti dei consigli.
...l'idea che avevamo era quella di utilizzare le nanostation ubiquiti per attivare i nodi mancanti...
Le distanze fra le varie postazioni sono all'incirca di 14 km per la tratta più distante, circa 6 km per tutte le altre.
Se le distanze sono queste, le NS non vanno bene, a meno di mettere delle antenne esterne, ma in tal caso prendi direttamente una Powerstation con pannello integrato (volendo restare su Ubiquiti) oppure CPE basate sulle economiche RB411.
Tuttavia, dato che la struttura è già su apparati Mikrotik, perchè non continuare? Almeno, nei nodi dove puoi aggiungere delle radio.
Esaurite le radio potrai valutare se mettere un altro Mikrotik collegato via LAN o dei link singoli PtP con apparati Ubiquiti collegati all'apparato principale sempre via LAN.
OSPF puoi sempre farlo girare, passando "sopra" le Ubiquiti in transparent mode. Cioè l'OSPF lo fai sempre tra apparati Mikrotik, che in qualche punto sfrutteranno dei link trasparenti PtP, fatti con le Ubiquiti. Questo per il backbone.
Se vuoi poi che OSPF giri anche sulle CPE, no, al momento non ce la fai con le Ubiquiti (forse in futuro verrà rilasciato il supporto ufficiale su AirOS5), a meno di non usare firmware di terze parti.
In questo caso, mi chiedo: a cosa ti serve OSPF sulle CPE? Si può fare in altri modi... sempre se ho capito bene le tue esigenze.
Scrivi pure le tue osservazioni, anche perchè, come sottolineato non so sicuro di aver capito bene lacuni passaggi

...non è importante sapere tutto, è importante sapere dove cercare!!! E ricorda che CE+CE NON fa CE!